滑铁卢大学有六个学院，分别为健康学院、文学院、数学院、工学院、理学院和环境学院。其他教学单位包括研究生院、药剂学、眼科视光学和社会工作等研究中心，它们不属于任何学院。滑铁卢大学环境学院是加拿大最大的环境学研究学院。大学共授予100多种本科学位专业，28种硕士及博士学位专业，其中以工学院和数学学院最为著名。

• 健康学院（Faculty of Health）：健康研究，人体运动学，娱乐与企业，娱乐与闲暇研究，娱乐治疗；

• 文学院（Faculty of Arts）：财会管理，人类学，艺术事务，历史，文化管理，数码艺术通信，戏剧，经济，英语（文学，文学和修辞，修辞和语文字），法语及法语教育，地理，德语，历史，人力资源管理，语文研习所，独立研究，拉丁语，中世纪研究，音乐，哲学，政治学，心理学，宗教研究，俄语，宗教与斯拉夫研究，社会发展研究，社会学，西班牙语；

• 数学院（Faculty of Mathematics）：精算学，应用数学，生物科技，工商管理及数学双学位，工商管理及计算机科学双学位，组合数学与最优化，计算数学，计算机科学，计算机及财务管理，物理学，数学（工商管理），数学（会计），数学（财务分析及风险管理），数学教育，运筹学，纯数，软件工程，统计；

• 工学院（Faculty of Engineering）：建筑学，化学工程，土木工程，计算机工程，电机电子工程，环境工程，地质工程，管理工程，机械工程，电子机械工程，纳米工程，软件工程，系统设计工程；

• 理学院（Faculty of Science）：植物学系，化学系，生物系，地球科学系，物理系；

• 环境学院（Faculty of Environment）：环境与企业，环境与资源研究，地理与航空，地理，国际发展，城市与地区规划。